lncRNA與蛋白互作實(shí)驗(yàn)概述
lncRNA (Long non-coding RNA)即長(zhǎng)鏈非編碼RNA,通常長(zhǎng)度在200-100000 nt,具有5’帽子和3’polyA尾巴結(jié)構(gòu)。
近年來(lái),越來(lái)越多的研究聚焦lncRNAs。lncRNA與蛋白質(zhì)的結(jié)合是其重要的調(diào)控方式之一,通過(guò)與蛋白質(zhì)的結(jié)合,lncRNA參與多種細(xì)胞過(guò)程。例如:
改變?cè)摻Y(jié)合蛋白的細(xì)胞定位
與其他RNA/蛋白競(jìng)爭(zhēng)結(jié)合某蛋白,來(lái)調(diào)控其他RNA或蛋白的活性
結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子,調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄活性
招募染色體重構(gòu)和修飾復(fù)合體到特定位點(diǎn),改變DNA/RNA的修飾狀態(tài)、染色體結(jié)構(gòu)等
lncRNA與蛋白互作服務(wù)信息
lncRNA-蛋白互作研究按照實(shí)驗(yàn)內(nèi)容可分為兩大類(lèi),一是以感興趣的lncRNA為中心,尋找或驗(yàn)證與該lncRNA結(jié)合的蛋白質(zhì);二是以感興趣的蛋白質(zhì)為中心,尋找或驗(yàn)證與該蛋白質(zhì)結(jié)合的lncRNA。
lncRNA與蛋白互作技術(shù)服務(wù) |
技術(shù)類(lèi)型 | 技術(shù)目標(biāo) | 技術(shù)原理 | 詳情
| 價(jià)格
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外源性RNA pull-down
| 體外條件下尋找或驗(yàn)證與目標(biāo)lncRNA結(jié)合的蛋白質(zhì) | 體外轉(zhuǎn)錄帶有生物素標(biāo)記的lncRNA,并與樣本裂解液孵育,利用鏈霉親和素磁珠捕獲體外條件下結(jié)合的靶RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物,采用Western Blot或質(zhì)譜技術(shù)確定復(fù)合物中的蛋白質(zhì) | 點(diǎn)擊查看
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內(nèi)源性RNA pull-down | 體內(nèi)條件下尋找或驗(yàn)證與目標(biāo)lncRNA結(jié)合的蛋白質(zhì) | 將自主研發(fā)的特異性RNA標(biāo)簽與目標(biāo)lncRNA構(gòu)建融合表達(dá)載體,轉(zhuǎn)染細(xì)胞使其融合表達(dá),通過(guò)與特異性RNA標(biāo)簽結(jié)合的親和介質(zhì),將RNA標(biāo)簽-lncRNA與蛋白的復(fù)合體純化出來(lái),采用Western Blot或質(zhì)譜技術(shù)確定復(fù)合物中的蛋白質(zhì) | 點(diǎn)擊查看 |
RIP | 體內(nèi)條件下尋找或驗(yàn)證與目標(biāo)蛋白質(zhì)結(jié)合的lncRNA | 用誘餌蛋白抗體捕獲體內(nèi)條件下的誘餌蛋白與RNA復(fù)合物,采用qPCR或高通量測(cè)序技術(shù)確定與誘餌蛋白結(jié)合的lncRNA | 點(diǎn)擊查看 |
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lncRNA與蛋白互作實(shí)驗(yàn)研究案例—客戶文章解析

lncRNA LAMP5-AS1通過(guò)調(diào)控DOT1L甲基轉(zhuǎn)移酶活性促進(jìn)MLL白血病發(fā)展
研究背景
研究者們通過(guò)大量臨床樣本的檢測(cè)發(fā)現(xiàn),一個(gè)長(zhǎng)鏈非編碼RNA(LncRNA)“LAMP5-AS1”在混合系白血病(MLL)中高表達(dá),因此進(jìn)一步探索了LAMP5-AS1在MLL白血病發(fā)生發(fā)展中的作用。
研究路線
細(xì)胞和小鼠實(shí)驗(yàn)確定高表達(dá)的LAMP5-AS1促進(jìn)MLL白血病進(jìn)展RNA pull-down結(jié)合質(zhì)譜鑒定技術(shù)首次發(fā)現(xiàn)了LAMP5-AS1的潛在結(jié)合蛋白—DOT1L(一種H3K79甲基轉(zhuǎn)移酶)RIP qPCR實(shí)驗(yàn)確定了LAMP5-AS1與DOT1L結(jié)合截短型 RNA pull down實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步明確了與LAMP5-AS1結(jié)合的DOT1L結(jié)構(gòu)域體外酶活實(shí)驗(yàn)表明LAMP5-AS1與DOT1L的結(jié)合促進(jìn)了DOT1L的甲基轉(zhuǎn)移酶活性RNA干擾結(jié)合ChIP實(shí)驗(yàn)表明LAMP5-AS1影響MLL融合蛋白核心靶基因的H3K79me2/3水平臨床分析LAMP5-AS可作為MLL白血病不良預(yù)后的預(yù)測(cè)因子
研究結(jié)論
lncRNA LAMP5-AS1在MLL白血病細(xì)胞的自我更新過(guò)程和分化阻滯中起著重要的作用。LAMP5-AS1對(duì)維持DOT1L酶在MLL白血病中的高活性具有重要意義,可能成為治療MLL白血病的一個(gè)有價(jià)值的靶點(diǎn)。
客戶文獻(xiàn)
Wang
W.T. et al: The lncRNA LAMP5-AS1 drives leukemia cell stemness by
directly modulating DOT1L methyltransferase activity in MLL leukemia. Journal of Hematology & Oncology. 2020. (IF=17.38).
lncRNA與蛋白互作技術(shù)服務(wù)—客戶文章
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